去年高雄氣爆事故，讓高雄市政府開始正視管線問題，為了讓石化管線受到規範，高雄市議會於 10 日通過「高雄市既有管線管理自治條例」，要求現有埋於地下的 89 條管線單位、13 家石化業者，需在明年底前將總公司南遷到高雄，營業稅也將從上繳台北、改成繳至高雄，並且和高雄市一起承擔管線安全的責任，不遷移的業者就將會被廢止其管線運輸許可。
但此消息一出卻遭到行政院長毛治國質疑是否有違憲之虞，並且還暗批高市府是在意稅收問題，才提出此條例讓 13 家業者（例如中油）營業稅改繳至高雄。陳菊對此不禁感嘆，高雄才剛經歷石化氣爆，面對這麼多的石化管線，「要求安全刻薄嗎？」更表示若憲法不能保護人民的身家財產安全，「那要國家幹什麼呢？」
若是石化業者的總公司皆南遷到高雄，營業額的計算將會影響中央統籌分配款的設算，據聯合報導，毛揆今日受訪表示，公共安全的確保，就要用工安方式來解決，並表示若把公司總部與工安確保做為連結，表示不僅不適當，更引起違反憲法精神的疑慮，並且，如果關切的是稅收問題，可以在中央統籌分配款上再協調。
然而對此陳菊不但更加堅定推動管線自治條例，還表示此條例絕對沒有違法、違憲的問題，會持續推行條例上路，並要求中油等石化業者總公司遷到高雄，將管線管理好與維護市民身家財產安全。
據自由時報，陳菊指出，自治條例通過是為了保障高雄市民的生命與財產安全，到底違憲在哪？並提到憲法是為了保障人民生命財產安全，若政府無法做到，痛批「要這個國家做什麼？」
除了毛揆此發言讓陳菊動怒駁斥外，據風傳媒報導，高雄市立委管碧玲也怒批，中央不論換了什麼院長，都不理解高雄的苦，連氣爆時也是先叫高市府出錢。並且對於毛揆指高市在意稅收問題，管碧玲抨擊根本是醜化，以管線最多的中油為例，若是南遷將會有勞動檢查、勞動安全以及環境保護，而不只是為了強調生死與共的概念而已。
