在任期內推動兩岸兩會互設辦事機構，一直是總統馬英九的兩岸主張之一。在昨（16）日晚間，總統馬英九的主張終實現，中國商務部所屬的「非營利機構」– 海峽兩岸經貿交流協會台北辦事處，正式舉行揭牌儀式。
但據海峽兩岸經貿交流協會官網顯示，該組織是直接受中國政府管轄，非民間組織，並且該協會的成立宗旨，即為「秉持促進兩岸經濟交流與合作 、推動兩岸直接通商、實現祖國和平統一大業為宗旨」。
同時，前幾日中國官方正式宣佈實施台胞證免簽證、卡式台胞證，雖然此政策可減去許多繁瑣簽證程序，但有質疑聲浪表示，是否免簽並非重要，卡式通行證代表是中國特區公民（如同港澳地區），也就是實質統一，若台灣政府此時沒有反應，就是默許、同意。
官網文中明顯表示出該機構即為「實施祖國和平統一一大業」為宗旨。（翻攝自官網）
今年年初，陸委會副主委林祖嘉還曾表示，對於兩岸互設辦事機構議題，陸委會「不會輕易讓步」，未來將積極與大陸溝通，希望早日達成。而馬英九在今年就職七週年記者會也反覆提及「互設辦事機構已經談得很接近完成，但大陸仍有憂慮，擔心台灣有政治企圖，或擔心駐台機構變成學運聚集地」、「也許去年學運把他們（中國）嚇到了。」
但想不到在 6 月 16 日就已在台北悄悄掛牌、啟用海貿會辦事處。並且據《民報》報導指出，海貿會的理事組成則包括產官學研各界，包括國台辦經濟局、公安部港澳台辦、商務部所屬單位、海關及地方政府單位等，具有一定比例的官方色彩。
同時，中國方面也在前幾日主動釋出友好政策，希望兩岸交流更加頻繁，於是推出台胞證免簽、卡式台胞證的政策，據《BBC 中文網》指出，台胞證型式將如同中國 2004 年起全面換發的第二代居民身分證，港澳人士來往中國原本也是紙本的港澳居民來往內地通行證，1999 年起也全面換發為卡式證。
《自由時報》報導，民進黨立委陳其邁說往後若實施免簽注卡式台胞證，確實較便利，但這種改變無疑是將將台灣香港化形同，香港的返鄉卡、返鄉證，根本是中國公民化。台灣護照有一百多個國家免簽，若中國要讓台灣更平等，應該要拿雙方護照往來才可更便利，也避免台灣遭到矮化，而馬政府若要強調「一中各表」，也應要求相互承認彼此的護照，才是對等地位。
馬英九的動作頻頻，兩岸互設辦事處、更曾表示希望能吸取兩德統一的經驗，再加上近期以來國民黨黨主席朱立倫赴中拜訪習近平、國民黨總統候選人洪秀柱提出兩岸和平協定，無疑正是在宣告國際社會，台灣希望統一的訊息，而卡式台胞證施行與否，陸委會主委夏立言則表示會再評估、了解用意後，再討論是否施行。
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