用 AI 畫成新冠病毒基因演化樹,圖策智能執行長揪出「病毒傳播路徑」

【我們為什麼挑選這篇文章】圖策智能科技公司發表的 AI「監控新冠病毒演化」運算平台,能替治療、研發藥物跟疫苗帶來極大助益,更重要的是這平台的幕後推手,來自台灣。(責任編輯:戴慈慧)

全球首個「新冠病毒基因演化路徑」平台上線,台灣旅美科學家、圖策智能執行長林清詠,用 AI 人工智慧畫成新冠病毒基因演化樹,並從中分析出幾株傳播力頑強的病毒亞型。

圖策智能科技公司(Graphen, Inc.)11 日發布了全球首個 AI「監控新冠病毒演化」(Monitoring COVID-19)平台,以病毒基因序列路徑分析,公布新冠病毒的數百種變異和其傳播途徑,並從中分析出幾株傳播力強的病毒亞型,可提供給治療、研發藥物及疫苗的參考,而幕後功臣正是來自台灣的旅美科學家「林清詠」。

 

圖策智能執行長林清詠。(圖片來源:林清詠臉書)

林清詠分析了 COVID-19 病毒 SARS-CoV-2 與世界各地的 400 多支病毒,並分析 50 種以上已知的全基因組測序變體,了解每支病毒的突變,並找出這些變異在近 3 萬處的基因位置點(Genetic Locations)如何變化,可識別病毒的演化鏈及群集體,確定突變及擴散過程。

節點序列分析病毒變異

平台 上的每個紅色節點代表一個病毒,每個綠色節點代表一組具有完全相同的基因組序列的病毒,兩個綠色節點之間的線表示進化方向,紅色和綠色節點之間的線表示該病毒屬於哪個集合,分析得知,病毒的變異,「多數是在人體中成長複製時造成的」。

每個紅色節點代表一個病毒,每個綠色節點代表一組具有完全相同的基因組序列的病毒。(圖片來源:graphen

林清詠說明,第一個超級傳播者是 1 月 5 日發現的一名武漢病患,他身上帶有的變異基因,後來同樣出現在台灣、比利時和澳洲,最終在美國華盛頓州落地,林清詠觀察「這個病毒在華盛頓州偷偷傳布一個月之後」再傳到在加州的至尊公主號遊輪,3 月初傳到明尼蘇達州。

另一個超級傳播者,則是歐洲大流行的源頭。林清詠發現,1 月 24 日確診的一名病人,他身上的病毒基因,快速擴散到德國、義大利和瑞士,最終引發全歐大流行。

第三路則在亞洲擴散,北京、韓國,及鑽石公主號郵輪上受感染的病患,他們感染的病毒基因大部分跟武漢當地原始病毒非常類似。

林清詠說,從病毒基因演化樹可清楚看出誰傳誰、經過哪些變異,如此一來就不一定要從接觸史與旅遊史推測感染源,即便找不出源頭的社區感染,也能看出感染途徑,未來圖策也將跟中研院合作,用 AI 分析蛋白質的變異,預測癌症基因的變化,原理和分析疫情有點像,當癌細胞不斷的人體內突變,AI 可以幫助分析癌細胞變化的走向,判斷哪一種藥物更有效。

(本文經合作夥伴 上報 授權轉載,並同意 TechOrange 編寫導讀與修訂標題,原文標題為 〈監控新冠病毒演化 圖策智能執行長揪出「病毒傳播路徑」〉。首圖來源: graphen

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